Лаборатория синэкологии (изначально – Лаборатория структуры и динамики сообществ) выделилась из Лаборатории почвенной зоологии и экспериментальной энтомологии, возглавляемой академиком М.С. Гиляровым, в 1980 г. В 1986 г. в ее состав была включена Лаборатория экологической физиологии насекомых, руководимая профессором Р.С. Ушатинской. С момента основания лаборатории до 2012 г. ее руководителем был академик Ю.И. Чернов.