Лаборатория синэкологии (первоначальное название – лаборатория структуры и динамики сообществ) организована под руководством доктора биологических наук, впоследствии член-корреспондента, а затем действительного члена РАН Ю.И. Чернова в 1980 г. в связи с обсуждением вопросов развития Института, необходимости усиления исследований в области экологии. Она выделилась из лаборатории почвенной зоологии и экспериментальной энтомологии, которую возглавлял академик М.С. Гиляров. В 1986 г. в результате структурной реорганизации подразделений института в состав лаборатории была включена лаборатория экологической физиологии насекомых, руководимая проф. Р.С. Ушатинской.