История лаборатории берет начало от особой зоологической лаборатории, основанной в 1893 г. академиком А.О. Ковалевским. Позднее ее возглавляли известные зоологи академики В.В. Заленский и Н.В. Насонов. После реорганизации в 1925 г. в Лабораторию экспериментальной зоологии и морфологии отделение морфологии этого учреждения, находившееся в Ленинграде, возглавил профессор Д.М. Федотов. В 1935 г. это отделение вошло в состав созданного в Москве Института эволюционной морфологии и палеозоологии в качестве отдела, а с 1936 г. — Лаборатории морфологии беспозвоночных. Главная направленность научных исследований была сосредоточена на вопросах эволюции и филогении беспозвоночных. С 1966 г. лабораторией заведовал член-корреспондент АН СССР Г.А. Викторов. В 1967 г. она была переименована в Лабораторию морфологии и экологии беспозвоночных. Исследования в это время были сосредоточены главным образом в области энтомологии. В 1974 г. лабораторию возглавил профессор В.А. Свешников. В 1984 г. она была переименована в Лабораторию экологии и морфологии водных беспозвоночных, а в 1992 г. — в Лабораторию экологии и морфологии морских беспозвоночных.
Сотрудники лаборатории. 2011 год.
профессор В.А. Свешников
Заведующий лабораторией Т.А. Бритаев