Лаборатория создана в 1993 г. по инициативе академика Г.В. Добровольского. В 2013–2016 гг. лабораторией заведовала д.б.н. В.А. Терехова. С 2016 г. Лабораторией руководит д.б.н. Гонгальский К.Б. Основной задачей лаборатории является изучение влияния свойств почв на организацию почвенной биоты и функционирование детритных пищевых сетей.
Работа ведется по трем основным направлениям: почвоведение, изучение почвенной биоты и биодиагностика состояния почв. Их интеграция позволяет количественно оценивать экологические функции почв.
Было создано и развивается учение об экологических функциях почв, охарактеризованы основные функции почв в экосистемах, сформулирована концепция ведущей роли почв в формировании и сохранении биоразнообразия, обоснованы принципы рационального использования и охраны земельных ресурсов с позиций экологического почвоведения.
Проведена оценка величины и структуры запасов органического углерода в почвах России. Проведены исследования палеоиндикаторов в палеопочвах.
Выявлены основные закономерности микробных сукцессий при разложении растительного опада. Проведена экологическая оценка микроорганизмов, почвенной микро- и мезофауны почв основных типов биогеоценозов европейской части России. Разработаны новые методы биотестирования экотоксичности почв и моделирования процессов в почвенных экосистемах.
Развивается изучение протекторных функций гумусовых кислот и роль меланизированных микромицетов в их формировании. Развивается анализ экологических функций почвенной биоты после лесных пожаров и при сельскохозяйственном использовании земель.