История Центра кольцевания птиц началась еще в начале 1920-х годов, когда, по предложению П.П. Сушкина руководство всей работой по мечению птиц перешло к Центральной станции юных натуралистов в Москве (БЮН). В 1924 г. были изготовлены кольца с надписью с надписью "Москва, БЮН, номер и серия", с этого момента можно начинать историю национального Центра кольцевания птиц России. Всю организационную работу Н.И.Дергунов. В 1927 г. появился единственный штатный сотрудник и заведующий Бюро кольцевания В.Н.Вучетич. С этого момента вся координирующая работа по кольцеванию птиц сосредоточивается в Бюро кольцевания. В 1934 г. Бюро кольцевания Биостанции юных натуралистов было реорганизовано в Центральное бюро кольцевания Комитета по заповедникам при Президиуме ВЦИК. С 1937 по 1941 гг. вышло 4 выпуска Трудов Центрального бюро кольцевания. В этих выпусках были опубликованы работы, основанные на применении метода кольцевания. В 1940 г. руководителем Бюро кольцевания стал А.В.Михеев, в этот период завершилась централизация кольцевания в стране. С конца 40-х годов все кольца рассылались только из Бюро. Там же концентрировалась и вся отчетность. За период с 1924 по 1949 гг. в СССР было окольцовано около 300 тысяч птиц почти 200 видов. Во время войны и в послевоенные годы Бюро кольцевания птиц курировали Г.П.Дементьев и В.Ф.Ларионов.
В 1956 г. Бюро кольцевания в Комиссию по охране природы АН СССР и стало именоваться Центром кольцевания и мечения птиц и наземных млекопитающих. С 1964 г. Центр кольцевания птиц СССР стал членом Европейского Совета по кольцеванию птиц (ЭУРИНГ). В 1964 -году Центр кольцевания птиц, благодаря усилиям М.И. Лебедевой, перешел в Академию наук, в Зоологический институт, где куратором Центра кольцевания был А.И.Иванов.
С 1970 года Центр кольцевания птиц переходит в Институт эволюционной морфологии и экологии животных им. А. Н. Северцова АН СССР. Сначала Центр кольцевания птиц входил в состав лаборатории д.б.н. В.Д.Ильичева, а с 1984 года приобрел самостоятельный статус как отдельное подразделение Института.