Лаборатория почвенной зоологии (с 1974 г. – почвенной зоологии и экспериментальной энтомологии) в составе Института морфологии животных (ныне ИПЭЭ им. А.Н. Северцова РАН) была организована в 1956 г. по специальному распоряжению Президиума АН СССР. Ее основателем и руководителем был профессор (впоследствии академик) Меркурий Сергеевич Гиляров, «отец советской почвенной зоологии», собравший вокруг себя группу молодых энтузиастов и воспитавший когорту высокоодаренных ученых, усилиями которых почвенная зоология приобрела значение одного из ведущих направлений российской биологической науки и завоевала высокий международный авторитет. Краеугольным камнем новой науки стали знаменитый труд М.С. Гилярова «Особенности почвы как среды обитания и ее роль в эволюции насекомых» (1949) и его идеологическое продолжение «Закономерности приспособлений членистоногих к жизни на суше» (1970). Особое место в становлении новой науки и Лаборатории принадлежит профессору Константину Владимировичу Арнольди – блестящему таксономисту и зоогеографу, сыгравшему огромную роль в изучениии почвенной фауны России, другу и советнику М.С. Гилярова.
Первоочередной задачей своей дисциплины и Лаборатории М.С. Гиляров считал детальную инвентаризацию фауны и населения почвообитающих животных на территории нашей страны. Эти исследования – чрезвычайно трудоемкие почвенные раскопки – последовательно проводились во всех географических зонах и типах почв (от пустынь до крайнего Севера), горных поясах, разнообразных природных ландшафтах и агроценозах Советского Союза. Так развивалась широта кругозора сотрудников Лаборатории – почвенных зоологов, географов и почвоведов, отрабатывались методики работы применительно к различным условиям среды. М.С. Гиляров настаивал на том, чтобы каждый сотрудник освоил какую-либо группу почвенного населения как специалист-систематик и таксономист. Не менее важной задачей молодой почвенной зоологии была экспериментальная оценка характера и масштабов функционирования зоопедобионтов, их роли в процессах деструкции и почвообразования, разработка методологических основ функциональной почвенной биологии как в полевых, так и в лабораторных условиях, с привлечением инструментальных методов анализа.
Первым итогом этих работ стал опубликованный в 1964 году фундаментальный коллективный труд Лаборатории «Определитель обитающих в почве личинок насекомых», актуальный до сегодняшнего дня. Книги «Методы почвенно-зоологических исследований» (1975) и «Количественные методы в почвенной зоологии» (1987), подготовленные коллективом Лаборатории, остаются и теперь настольными руководствами каждого почвенного зоолога России. Новая наука сразу приобрела важное прикладное значение: книга М.С. Гилярова «Зоологический метод диагностики почв» (1965) заложила экологические основы почвенно-зоологической диагностики типа и характера развития почв, оценки состояния важнейших параметров среды и потенциала почвенного плодородия. Дальнейшая библиография Лаборатории включает множество книг, определители различных групп зоопедобионтов, тысячи статей в отечественных и зарубежных журналах.
В 1985 году Лабораторию возглавила проф. Б.Р. Стриганова. Под ее руководством значительно расширилась проблематика исследований. Помимо традиционных направлений (морфология, систематика и фаунистика, структура и динамика сообществ, адаптивные стратегии и экофизиология почвенных беспозвоночных), интенсивное развитие получили исследования различных аспектов активности педобионтов (особенно зоо-микробиологических взаимоотношений), таксономического и функционального биоразнообразия почвенных систем, трофоэнергетики, трофической и социальной структуры почвенных сообществ. Большое внимание уделялось практическим вопросам: зоодиагностике и мониторингу биоразнообразия естественных и техногенно-нарушенных почв, роли животных в становлении почвенного плодородия, разработке технологии вермикультуры.
С 1958 года Лаборатория организует регулярные Всероссийские Совещания по почвенной зоологии, часто с участием иностранных ученых (последнее, XVII Совещание, проведено в 2016 году). В 1985 году проведен IX Международный коллоквиум по почвенной зоологии, собравший ведущих почвенных зоологов всего мира. В 2004–2012 гг. работала российско-польская «Школа молодых экологов» (проводилась раз в два года попеременно в Польше и России). В течение последних 8 лет под руководством А.В. Тиунова на регулярной основе работает Полевая школа по почвенной зоологии и экологии для молодых ученых. Участие в международных биологических форумах, совместные научные проекты с ведущими иностранными специалистами, экспедиции в малоисследованные уголки мира стали обычной практикой сотрудников Лаборатории.
В 2006 году Лаборатория была реорганизована: в ее состав влились Лаборатория морфологии и экологии насекомых (зав. проф. Л.Н. Медведев), группа экологии и морфологии ксилобионтов (зав. проф. Н.П. Кривошеина), группа теоретических и прикладных проблем биометода (зав. проф. А.А. Панов). Проблематика исследований объединенной Лаборатории чрезвычайно широка, значительную часть коллектива составляют молодые сотрудники и аспиранты. С 2014 года Лабораторией руководит д.б.н. А.В. Тиунов.
