Лаборатория сформирована 20 октября 2006 г., объединив Группу экологических основ охраны экосистем и управления популяциями животных (создана в 1980 г., руководитель – акад. РАСХН, проф. Е.Е. Сыроечковский), Группу экоинформационных систем и космического мониторинга (1988 г., проф. Г.И. Бельчанский) и Лабораторию ландшафтной экологии млекопитающих (1993 г., к.г.н. В.М. Неронов). В 2015 г. Группа экоинформационных систем и космического мониторинга выделена в самостоятельное подразделение Института.