Лаборатория биогеоценологии Ботанического института им. В.Л. Комарова АН СССР была организована в Москве в 1963 г. академиком В.Н. Сукачевым, создателем учения о биогеоценозе. В 1967 году, после его смерти, лаборатории было присвоено его имя. В 1978 году лаборатория вместе с биогеоценологической станцией Малинки была переведена в ИЭМЭЖ АН СССР. С 1967 по 1985 г. лабораторией руководил соратник и последователь В.Н. Сукачева д.б.н., проф. Н.В.Дылис. В 1985 году в состав лаборатории вошли еще несколько иследовательских подразделений и лаборатория получила название Лабораторией общей экологии и биогеоценологии им. В.Н. Сукачева. В 1993 году было востановлено исходное название. С 1985 по 1989 лабораторией руководил д.г.н. Ю.Г. Пузаченко, с 1989 по 2001 - д.г.н. Н.Н. Выгодская, с 2002 по 2006 д.б.н. А.Н. Кожаринов. В 2006 г. в рамках реорганизации ИПЭЭ РАН была объединена с группой исторической экологии (рук. д.б.н. А.Б. Савинецкий) в составе одной Лаборатории под общим названием "Лаборатория биогеоценологии и исторической экологии им. В.Н. Сукачева. Статус лаборатории биогеоценологии им. В.Н. Сукачева как самостоятельного структурного подразделения ИПЭЭ РАН был восстановлен в мае 2014 г. (рук. к.б.н. Ю.А. Курбатова).