Лаборатория берет свое начало от Сектора морфологии и систематики гельминтов Лаборатории гельминтологии АН СССР, созданной в 1940е гг. В 1993-2007 гг. лаборатория носила название «Лаборатория морфологии и систематики паразитов». В лаборатории работали видные российские паразитологи, такие как К.М. Рыжков, В.Е. Судариков, А.А. Шигин, В.И. Фрезе и другие.