Лаборатория была образована в 2006 г. в результате объединения Группы экологии пресноводных сообществ, руководимую профессором Н.Н. Смирновым и Группы экологии инвазий и межпопуляционных взаимодействий (руководитель академик Ю.Ю. Дгебуадзе).
В дальнейшем научные сотрудники группы развивали исследования не только на биостанции, но и в других регионах России и мира и внесли существенный вклад в исследования систематики, фаунистики, морфологии и экологии гидробионтов.