Основные задачи исследовательской программы Лаборатории: разработка проблемы целостности организма в онто- и филогенезе; исследование закономерностей морфологической эволюции и её механизмов; разработка критериев и принципов филогенетики; разработка методов оценки морфологического, морфогенетического, генетического и экологического разнообразия низших позвоночных на популяционном и видовом уровнях; инвентаризация биоразнообразия и видового состава амфибий на территории России и сопредельных стран. В лаборатории ведутся комплексные исследования по эволюционно-морфологической проблематике, экологии, палеонтологии, фаунистике, филогенетике и таксономии рыб, земноводных, пресмыкающихся. Исследуются закономерности распространения палеарктических земноводных в связи их экологической и морфологической диверсификацией, эволюцией жизненных циклов, а также трофические связи земноводных в онтогенезе, проблема конкуренции, роли видов в сообществах и их охрана.