Лаборатория проблем эволюционной морфологии была создана в 1977 году по инициативе академика В.Е. Соколова в результате слияния группы эволюционной морфологии (бывшая лаборатория академика И.И. Шмальгаузена ЗИН АН СССР, переведённая в 1976 году в Москву) и лаборатории сравнительной эмбриологии позвоночных - одной из старейших лабораторий Института. Её история связана с отделом онтогенеза сектора морфологии современных животных Института эволюции животных, которым с 1934 по 1960 годы руководил профессор Б.С. Матвеев. С момента создания и до весны 2014 года Лабораторией проблем эволюционной морфологии руководила академик РАН Эмилия Ивановна Воробьёва. Под её руководством был выполнен большой цикл работ по сравнительной и функциональной морфологии, развитию и эволюции низших позвоночных, как ископаемых, та к и современных. C 2014 г. заведующим лабораторией стал доктор биологический наук Сергей Васильевич Смирнов.