История Лаборатории берет начало в 1975 г., когда была создана Научно-экспериментальная база «Черноголовка», и группа сотрудников Лаборатории морфологии, экологии и повеления высших позвоночных (зав. — академик В.Е. Соколов) начала исследовать поведение и химическую
коммуникации ряда видов диких млекопитающих.
В 1998 г. она была выделена в самостоятельную группу, которая в 2004 г. (с присоединением к ней группы прикладной экологии (д.б.н. Л.М. Баскин) получила статус лаборатории (рук. В.В. Рожнов).