Важнейшие результаты лаборатории — Лаборатория микроэволюции млекопитающих

Важнейшие результаты лаборатории 2025 г

1. Большим коллективом авторов из ИПЭЭ РАН совместно с коллегами из других Институтов РАН создан Атлас распространения млекопитающих европейской части России. Атлас обобщает собранную за весь период зоологических наблюдений информацию о распространении 202 видов млекопитающих на территории европейской России. Для каждого из них представлены картами с точками встреч для наиболее распространённых и изученных видов на картах также приведены экологические модели ареалов, характеризующие степень пригодности местообитаний. Карты сопровождаются видовыми очерками, позволяющими составить представление о внешнем облике животных, его экологии, изменчивости, места российской популяции в мировом ареале, а также о практическом значении и природоохранном статусе. Издание предназначено для широкого руга пользователей – от зоологов до натуралистов любителей. Лисовский А.А. и др. (ред.) Атлас распространения млекопитающих европейской части России. М.- Товарищество научных изданий КМК. 2025. – 448 с.

2. Впервые обнаружено широкое распространение ранавирусов (Ranavirus) у зеленых лягушек рода Pelophylax на территории России. Секвенирование последовательности гена основного капсидного белка выявило шесть различных гаплотипов ранавирусов, принадлежащих к линии CMTV. Новые данные свидетельствуют о распространении этой линии ранавируса по всей Евразии. Ранавирусы способны вызывать массовую гибель амфибий и рассматриваются в качестве основной причины современного “кризиса биоразнообразия земноводных”, являющегося одной из самых острых мировых проблем охраны природы (Симонов Е.П., Лавренченко Л.А.).
Опубликовано:
Lisachova L.S., Lisachov A.P., Ermakov O.A., Svinin A.O., Chernigova P.I., Lyapkov S. M., Zamaletdinov R.I., Pavlov A.V., Zaks S.S., Fayzulin A.I., Korzikov V.A., Simonov E.P., 2025. Continent-wide distribution of CMTV-like Ranavirus, from the Urals to the Atlantic Ocean. EcoHealth, 22: 173–184.

**Рисунок.** Филогенетическое дерево ранавирусов. Заглавными буквами (A-F) обозначены гаплотипы, полученные в результате настоящего исследования.

Важнейшие результаты лаборатории 2023-2024 гг

1. Масштабным исследованием мелких млекопитающих (2565 экземпляров 108 видов грызунов и землероек) Африки, Азии и Латинской Америки показано существенно большее разнообразие гепевирусов, чем это принималось ранее. Описаны 24 новых полных генома, выявлена ключевая роль грызунов в происхождении и эволюции гепевирусов. Показано недавнее прямое происхождение человеческого вируса гепатита E от гепевирусов парнокопытных и более древнее – от гепевирусов грызунов. Предложено использование некоторых видов грызунов в качестве новых моделей для исследований патогенеза вируса гепатита E и разработки его доклинической терапии. Обоснована необходимость геномного эпиднадзора за гепевирусами, связанными с грызунами.

Опубликовано: JoW.K., Cassiano M.H.A., de Oliveira-Filho E.F., Brünink S., Yansanjav A., Yihune M., Koshkina A.I., Lukashev A.N., Lavrenchenko L.A., Lebedev V.S., Olayemi A., Bangura U., Salas-Rojas M., Aguilar-Setién Á., Fichet-Calvet E., Drexler J.F., 2024. Ancient evolutionary origins of hepatitis E virus in rodents. Proceedings of the National Academy of Sciences, 121(51): e2413665121.

Филогенетическое дерево гепевирусов. Желтыми линиями показаны геномы, описанные в настоящем исследовании.

2. С использованием комплекса геномных и морфологических данных проведена таксономическая ревизия недавно описанного рода белобрюхих скальных крыс Ochromyscus, одного из немногих родов грызунов с афро-аравийским распространением. В данном роде выделено три вида: два в восточной Африке (O. brockmani и O. niveiventris) и один в южной Аравии (O. yemeni), подробно описаны их распространение, генетическая структура и реконструированная эволюционная история. Выявлено, что, несмотря на значительную степень их морфологического сходства, обособление этих трех видов произошло в доплейстоценовые времена, а уровень генетической дивергенции между ними сопоставим с таковым между родственными родами мышевидных грызунов.

Опубликовано: Meheretu Y., Mikula O., Frynta D., Frýdlová P., Mulualem G., Lavrenchenko L.A., Kostin D.S., Elmi H. Sh. A., Šumbera R., Bryja J., 2024. Phylogeny, biogeography, and integrative taxonomic revision of the Afro-Arabian rodent genus Ochromyscus (Muridae: Murinae: Praomyini). Zoological Journal of the Linnean Society, 202(1): zlad158.

Рис 1. Компиляция предыдущих таксономических и дистрибутивных данных Ochromyscus. Цвета фона представляют распространение, указанное в Красном списке МСОП для O. (‘Myomyscus’) brockmani (синий) и O. (‘Myomyscus’) yemeni (зеленый), загруженном 31 мая 2021 г. Синие точки показывают записи O. (‘Myomyscus’) brockmani с GBIF.org (31 мая 2021 г.) GBIF Распространение Скачать https://doi.org/10.15468/dl.93ynrv, в сочетании с дополнительными опубликованными данными из Судана (Happold 1966), Эфиопии (Yalden et al. 1976), Сомали (Corti et al. 1999) и неопубликованными данными, основанными на ваучерах в NHM London (из Сомалиленда) и MNHN (из Сомали). Зеленые точки представляют собой документированные записи O. (‘Myomyscus’) yemeni с GBIF.org (31 мая 2021 г.) GBIF Скачать hps://doi.org/10.15468/dl.z6yh, в сочетании с дополнительными опубликованными данными от Надера и др. (1983), Санборна и Хогстраля (1953), а также Бюкера и Харрисона (1982) и двумя ваучерами в MNHN Paris (из Саудовской Аравии). Красные звезды показывают типовые местонахождения и доступные названия для видов рода Ochromyscus. Маленькие желтые кружки — это местонахождения, из которых мы собрали генетические данные.

Рис 2. Диаграмма масштабирования оценок bgPC. Большие заполненные точки обозначают средние формы видов, а маленькие открытые точки — проекции индивидуальных форм на оси. Проекции четырех форм черепа голотипа обозначены черными точками, помеченными соответствующими названиями.

3. С использованием комплекса молекулярно-филогенетических анализов и методов геометрической морфометрии изучена генетическая и морфологическая изменчивость трех видов землероек-белозубок (Crocidura thalia, C. glassi и C. afeworkbekelei), замещающих друг друга в соседних высотных поясах горного массива Бале. Показаны высокая степень генетического сходства трех исследуемых видов, а также значительные различия в размере и форме черепа между ними. Полученные результаты демонстрируют соответствие предсказаниям модели экологического видообразования. Это первый случай, подтверждающий данный модус видообразования сразу для трех форм млекопитающих, населяющих три смежных высотных пояса единого горного массива.

Опубликовано: ZemlemerovaE.D., Martynov A.A., Sycheva V.B., Lavrenchenko L.A., 2024. The usage of historical DNA and geometric morphometric approach for detecting the ecological diversification along a remarkable altitudinal gradient. Mammalian Biology, 104(5): 529–538.

Ординация форм черепа (a) и нижней челюсти (b) с размером центроида для трех видов Crocidura с южного склона гор Бале в пространстве первых двух главных компонент. C. afeworkbekelei: красные треугольники, C. glassi: зеленые точки и C. thalia: синие квадраты

4. Впервые проведено сравнительное изучение формы черепа у близких видов грызунов, специализированных к обитанию в различных поясах единого высотного градиента. Применение методов компьютерной томографии, трехмерных виртуальных моделей и геометрической морфометрии показало, что связанная с высотой дифференциация является характерной особенностью изменения формы черепа и нижней челюсти во всех трех исследованных родах (Lophuromys, Arvicanthis, Stenocephalemys), населяющих Эфиопское нагорье. Показано, что в наибольшей степени трансформируются глазные орбиты и места крепления жевательных мускулов, что отражает адаптивные изменения в периферическом отделе зрительного анализатора, а также специализацию к различающимся диетам.

Опубликовано: Mizerovská D., Špoutil F., Claude J., Lavrenchenko L.A., Procházka J., Bryja J., Mikula O., 2023. Parallel evolution of skull form in three rodent genera inhabiting steep elevational gradients of Ethiopian highlands. Evolutionary Biology, 50(3): 332–349.

Различия в форме черепа низкогорных (показаны синий цветом) и высокогорных (показаны красным цветом) представителей трех родов грызунов (*Lophuromys, Arvicanthis и Stenocephalemys*). Показаны дорзальная, латеральная и вентральная проекции.

5. Проведен анализ митохондриального генома сардинской пищухи Prolagus sardus для оценки филогенетического положения вымершей группы зайцеобразных млекопитающих — пролагид. Результаты анализа подтвердили правоту непопулярной точки зрения российских палеонтологов о ранге пролагид, как самостоятельного семейства Prolagidae. Таким образом, пролагиды стали "новым" семейством млекопитающих. Филогенетическое обследование нового семейства — редчайшее событие для науки о млекопитающих последних лет.

Опубликовано: Utzeri V.J., Cilli E., Fontani F., Zoboli D., Orsini M., Ribani A., Latorre A., Lissovsky A.A., Pillola G.L., Bovo S., Gruppioni G., Luiselli D., Fontanesi L., 2023. Ancient DNA re-opens the question of the phylogenetic position of the Sardinian pika Prolagus sardus (Wagner, 1829), an extinct lagomorph. Scientific Reports, 13(1): 13635.

Датированное филогенетическое дерево зайцеобразных млекопитающих, скелет сардинской пищухи *Prolagus sardus* и ее реконструкция.