Перейти к основному содержанию

Основные результаты работы лаборатории за 2023 - 2024 гг.

1. На основании результатов филогеографического анализа и оценки возраста клад с использованием метода молекулярных часов была выдвинута гипотеза, что большинство видов группы Schachtii возникли и развились в горячей точке биоразнообразия Средиземноморского бассейна во время плейстоцена, а затем распространились из этого региона по всему миру. Китайско-японский флористический регион, вероятно, является одним из центров диверсификации соевой цистообразующей нематоды.
Опубликовано: Subbotin S. A. et al. DNA barcoding, phylogeny and phylogeography of the cyst nematode species of the Schachtii group from the genus Heterodera (Tylenchida: Heteroderidae) //Nematology. – 2023. – Т. 26. – №. 1. – С. 71-97. https://doi.org/10.1163/15685411-bja10292)

 

 

Филогенетические связи между гаплотипами COI видов группы Schachtii, установленные на основе байесовского анализа с картированием регионов, растений-хозяев и указанием возраста узлов. A: Карта мира с кодами регионов; B: Филогенетическое дерево. B: Филогенетическое дерево. Коды с наиболее вероятными предковыми регионами, значения апостериорной вероятности для BI-анализа и значения бутстрепа для ML-анализа приведены для соответствующих клад. Mya = миллионы лет назад. 

 

 

2. Исследована систематика бакетерий рода Cardinium – внутриклеточных эндосимбионтов членистоногих, пресноводных мидий и фитонематод. Проведен скрининг 142 образцов фитопаразитических нематод (93 видов из 12 семейств и двух отрядов) методом ПЦР со специфическими праймерами и секвенированием. У 12 видов цистообразующих нематод семейства Heteroderidae методом ПЦР выявлены бактерии клады Cardinium.  При анализе генома штамма  Cardinium Hum из нематоды хмеля Heterodera  устанвлено, что этот штамм представляет собой новый вид-кандидат внутри рода Candidatus Paenicardinium. Филогенетические реконструкции эндосимбионтов клады Cardinium, основанные на анализе генов и геномов 16S рРНК, gyrB, sufB, gloEL, fusA, infB, а также оценки генетических расстояний, указывают на то, что эндосимбионт корневой нематоды Pratylenchus penetrans представляет отдельную линию.
Tarlachkov, S.V., Efeykin, B.D., Castillo, P., Evtushenko, L.I. & Subbotin, S.A. 2023. Distribution of bacterial endosymbionts of the Cardinium clade in plant-parasitic nematodes. International Journal of Molecular Sciences 24: 2905).

 

Схема предполагаемых эволюционных связей и горизонтальных передач бактериальных эндосимбионтов клада Cardinium внутри беспозвоночных.

 

Филогенетические связи между представителями клады Cardinium. Байесовское консенсусное дерево с правилом 50% большинства, полученное на основе выравнивания последовательностей 16S рРНК (длина выравнивания – 1464 п.н.) по модели GTR + I + G. Апостериорные вероятности (BI) и значения бутстрепа (ML) более 50% показаны в точках ветвления. *—Типовой штамм «Candidatus Paenicardinium endonii».