Лаборатория экологии аридных территорий организована в 1993 г. по инициативе П.Д. Гунина. Большой вклад в разработку программы подразделения был внесен Героем социалистического труда СССР, лауреатом Государственной премии СССР, академиком АН Туркмении Н.Т. Нечаевой.
С 1988 г. по настоящее время коллектив лаборатории осуществляет научно-организационные работы по проведению экспедиционных исследований Совместной Российско-Монгольской комплексной биологической экспедиции РАН и АНМ (СРМКБЭ РАН и АНМ).
СРМКБЭ РАН и АНМ создана в 1970 г., продолжает исследования, которые проводились Русским Географическим обществом, экспедициями АН СССР и Комитетом по науке Монголии. Ее научными руководителями в разное время были академики АН СССР Е.М. Лавренко, В.Е. Соколов, член-корреспондент РАН Р.В. Камелин, а также академики Монгольской академии наук Б. Ширэндэв, Н. Улзийхутаг, О. Шагдарсурэн, Ц. Жанчив. В настоящее время научное руководство осуществляют академик РАН Д.С. Павлов и академик АНМ Ч. Дугаржав. Начальниками Российской части экспедиции были кандидат биологических наук П.Б. Виппер, доктора биологических наук и Е.В. Ротшильд, Л.Н. Медведев, а с 1988 г. до настоящего времени П.Д. Гунин. Зам начальника по научной части является д.б.н. Н.А. Дорофеюк, зам начальника по АХЧ А.Д. Гунин, ученым секретарем д.б.н. С.Д. Сыртыпова. Начальником Монгольской части Экспедиции является д.б.н. Я. Адъяа, директор ИОЭБ АНМ, ученик академика В.Е. Соколова.
СРМКБЭ РАН и АНМ осуществляет свою деятельность в соответствии с Соглашением двух стран о научном и культурном сотрудничестве (1947г., 1971г.), Распоряжениями Президиумов академий наук двух стран (1969, 2011г.), Соглашением о научном сотрудничестве между РАН и АНМ (2011г.).
Монголия находится на стыке взаимодействия трех крупных климатических систем и самой стремительной в пространстве сменой контрастных экосистем ― от высокогорных тундр до крайнеаридных пустынь. По ее территории проходят крупнейшие ботанико-географические, эдафические, флористические и фаунистические рубежи и пролегает водораздел между бассейнами Северного Ледовитого и Тихого океанов и бессточной частью Азии. Изучение экологических условий и экосистем Монголии имеет большое значение для сохранения экологического равновесия на границе Сибири и пустынь Азии, и особенно объекта мирового природного наследия ЮНЕСКО, озера Байкал, 51% бассейна которого приходится на территорию Монголии. Свойства экотонной территории Монголии СРМКБЭ РАН и АНМ изучает на протяжении нескольких десятков лет по комплесной программе, сочетающей маршрутные и стационарные исследования в области ботаники, зоологии, почвоведении, геоморфологии, климатологии, гидрологии и мерзлотоведении, гляциологии, ландшафтоведении и палеогеографии, культурной географии и социальной антропологии. Экспедиция остается крупнейшей в мире постоянно действующей сухопутной Экспедицией. В ее работе в разное время участвовало до 250–300 человек из различных научных центров и вузов СССР и Монголии. Кроме того, в ее составе на временной основе в отдельные периоды работали ученые из многих стран мира (Израиль, Германия, США, Великобритания, Япония, Иран и др.).
С конца 90-х гг. ХХ в. начаты исследования по экологической оценке состояния экосистем Монголии, определяющие степень их антропогенной нарушенности, выявляются диагностических показатели деградации и опустынивания экосистем, осуществляется их картирование.
В 2025 году будет отмечаться 55-летний юбилей с момента создания экспедиции.