Prokofiev A.M., Kukuev E.I., 2007: Systematics and distribution of the swallowerfishes of the genus Pseudoscopelus (Chiasmodontidae). Moscow: KMK Scientific Press Ltd., 162 p. [Систематика и распространение живоглотовых рыб рода Pseudoscopelus (Chiasmodontidae). Москва: Товарищество научных изданий КМК, 162 с.] (ISBN 978–5–87317–447–8) [англ., рез. рус.]
Prokofiev A.M., 2009: Problems of the classification and phylogeny of nemacheiline loaches of the group lacking the preethmoid I (Cypriniformes: Balitoridae: Nemacheilinae) // Journal of Ichthyology. V. 49. No. 10. P. 874–898
Prokofiev A.M., 2010: Morphological classification of loaches (Nemacheilinae) // Journal of Ichthyology. V. 50. No. 10. P. 827–913
Прокофьев А.М., 2014: Систематика и распространение лжесельдевых рыб Мирового океана (Bathyclupeidae) // Вопросы ихтиологии. Т. 54. № 5. С. 499–507 [simultaneous English translation: Taxonomy and distribution of deepsea herring (Bathyclupeidae) in oceans // Journal of Ichthyology. V. 54. No. 8. P. 493–500]
Прокофьев А.М., 2015: Новая триба хрущей из Вьетнама (Coleoptera, Scarabaeidae, Melolonthinae) [New tribe of chafers from Vietnam (Coleoptera, Scarabaeidae, Melolonthinae)] // Амурский зоологический журнал [Amurian zoological journal]. VII (1). С. 20–24, цв. табл. I [рус., рез. англ.]
Прокофьев А.М., 2015: К познанию родов Asactopholis Brenske, 1894, Dasylepida Moser, 1913 и Lepidiota Kirby, 1826 фауны Индокитая (Coleoptera: Scarabaeidae: Melolonthinae: Leucopholini) [To the knowledge of the genera Asactopholis Brenske, 1894, Dasylepida Moser, 1913 and Lepidiota Kirby, 1826 in Indochina (Coleoptera: Scarabaeidae: Melolonthinae: Leucopholini)] // Кавказский энтомологический бюллетень [Caucasian Entomological Bulletin]. Т. 11. Вып. 2. С. 327–350 [рус., рез. англ.]
Прокофьев А.М., 2015: К познанию рода Ectinohoplia Redtb. (Coleoptera: Scarabaeidae: Melolonthinae: Hopliini) [To the knowledge of the genus Ectinohoplia Redtb. (Coleoptera: Scarabaeidae: Melolonthinae: Hopliini)] // Амурский зоологический журнал [Amurian zoological journal]. VII (4). С. 297–324, цв. табл. I–V [рус., рез. англ.]
Prokofiev A.M., Zorn C., 2016: Review of the Mimela species of the Dalat Plateau in southern Vietnam (Coleoptera, Scarabaeidae, Rutelinae) // Contributions to Entomology: Beiträge zur Entomologie. V. 66. No. 2. P. 329–346
Schwarzhans W.W., Prokofiev A.M., 2017: Reappraisal of Synagrops Günther, 1887 with rehabilitation and revision of Parascombrops Alcock, 1889 including description of seven new species and two new genera (Perciformes: Acropomatidae) // Zootaxa. 4260 (1). P. 1-74
Прокофьев А.М., 2017: Гольцы подсемейства Nemacheilinae мировой фауны. Ярославль: Филигрань, 315 с. [Loaches of the subfamily Nemacheilinae of the World. Yaroslavl: Filigran, 315 p.] (ISBN 978–5–96682–89–5) [рус., рез. англ.]
Прокофьев А.М., Сычевская Е.К., 2018: Гигантская акула (Lamniformes: Cetorhinidae) из нижнего олигоцена Северного Кавказа // Вопросы ихтиологии. Т. 58. № 2. С. 123–135 [simultaneous English translation: Basking shark (Lamniformes: Cetorhinidae) from the Lower Oligocene of the Caucasus // Journal of Ichthyology. V. 58. No. 2. P. 127–138]
Прокофьев А.М., 2019: Материалы к ревизии рода Photonectes (Melanostomiidae) // Вопросы ихтиологии. Т. 59. № 4. С. 375–404 [simultaneous English translation: Materials for revision of the genus Photonectes (Melanostomiidae) // Journal of Ichthyology. V. 59. No. 4. P. 449–476]
Prokofiev A.M., Iwamoto T., 2020: Revision of the grenadier genus Coelorinchus (Teleostei: Macrouridae) from the Mascarene Ridge, western Indian Ocean, with description of two new species // Proceedings of the California Academy of Sciences. Ser. 4. V. 66. No. 9. P. 231–273
Прокофьев А.М., 2020: Пересмотр родовой классификации «длиннотелых» опистопроктовых рыб (Opisthoproctidae) с описанием новых таксонов и новых находок // Вопросы ихтиологии. Т. 60. № 5. С. 515–543 [simultaneous English translation: Revision of the generic classification of “long-bodied” opisthoproctids (Opisthoproctidae) with a description of new taxa and new finds // Journal of Ichthyology. V. 60. No. 5. P. 689–715]