В новой редакции Красной книги, подредактированной Минприроды, большая недостача. Некоторых редких животных просто вычеркнули из списка исчезающих и особо охраняемых. В разгар работы в августе 2017 года министерство выпустило приказ об изменении в составе рабочей группы, из процесса согласования оказались исключены 200 (!) учёных-зоологов, которые выразили президенту Путину озабоченность готовящейся редакцией Красной книги. Они просили не допустить, чтобы документ писали чиновники и лоббисты коммерческой охоты. В результате список редких животных облегчился на два десятка видов млекопитающих и рыб: серый гусь, три подвида гуменника, сибирский горный козёл, благородный олень, дикий северный олень. Под сомнение поставили необходимость охранять гималайского медведя, сайгака, якутского снежного барана, сибирского горного козла — классические объекты охоты. Но в результате скандала министерство отстояло большинство позиций. Сайгак остался под охраной, но лишили её морскую свинью, хорька-перевязку, уссурийского пятнистого оленя, китайского окуня, сома Солдатова, касатку, американскую казарку и т.д.
В июне 2018 г. академики РАН Вячеслав Рожнов и Дмитрий Павлов выразили забоченность последней редакцией Красной книги новому главе Минприроды Дмитрию Кобылкину. Учёные напомнили министру: основание для исключения из Красной книги — наличие доказательств, что численность вида восстановилась, в лучшую сторону изменились условия его существования или вид вымер окончательно. Таких данных о «снятых с охраны» животных нет — значит, исключение противоречит закону. При создании перечня Красной книги Минприроды просит подготовить замечания региональные министерства, заповедники, профильные ведомства и охотничьи организации. По словам сотрудницы Института проблем экологии и эволюции РАН Софьи Розенфельд, чаще всего приходят предложения не включать тот или иной вид: «Каждый год мы отбиваемся от кучи запросов от регионов — мол, давайте стрелять гусей, уток, козлов. Просто им дали такую волю и так их распоясали, что они не хотят вообще никаких разумных ограничений». К тому же повсеместно широко процветает браконьерство, а у инспекторов природоохранных служб отобрали боевое оружие и в разы сократили их численность.