С началом войны началась подготовка института к эвакуации в г. Фрунзе (Киргизская ССР), куда отправлялись и другие институты биологического отделения АН. Добровольно ушли в ополчение и армию в 1941 А.Я. Белогуров, В.Р. Вейцман, И.И. Булавкин, В.Д. Невзгодин, Н. Рогов, В. Петропвловский, Д.М. Шифрин. Н.П. Козлова-Шаскольская, А.М. Буданова, И.А. Садов, Г.Л. Осмоловская, Н.П. Щербакова, П.А. Коржуев. Когда бои шли на подступах к Москве в коммунистическом батальоне сражались Е.Ф. Поликарпова и А.Н. Студитский. Первые шесть не вернулись в фронта. Д.М. Шифрин. Н.П. Козлова-Шаскольская, А.М. Буданова, И.А. Садов, Г.Л. Е.Ф. Поликарпова умерли в первые послевоенные годы. Часть сотрудников была демобилизована в ноябре 1941 г., к началу эвакуации института.
Деятельность института во время войны была развернута в сторону запросов народного хозяйства и оборонной медицины. Работа института велась в трех направлениях.
Посмотреть презентацию о вкладе ученых в Победу можно по ссылке.