С 1997 г. на НЭБ «Черноголовка» ИПЭЭ РАН существует Совместный учебно-научный биологический центр Института проблем экологии и эволюции им. А.Н. Северцова РАН, Московского государственного университета им. М.В. Ломоносова и Московского педагогического государственного университета (УНЦ «Черноголовка» ИПЭЭ РАН) (имеются двусторонние договора); кроме того, в УНЦ «Черноголовка» ИПЭЭ РАН выполняют курсовые и дипломные работы студенты следующих базовых Вузов региона:
- Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова;
- Московский педагогический государственный университет;
- Российский государственный аграрный университет – МСХА им. К.А. Тимирязева;
- Московская государственная академия ветеринарной медицины и биотехнологии им. К.И. Скрябина;
- Высший колледж рационального природопользования Российского химико-технологического университета им. Д.И. Менделеева;
- Тульский государственный педагогический университет им. Л.Н. Толстого;
- Самарский государственный университет;
- Тверской государственный университет;
- Новосибирский государственный университет.
На научно-экспериментальной базе «Черноголовка» ИПЭЭ РАН в 2006 г. создана базовая кафедра – филиала кафедры зоологии Российского государственного аграрного университета – МСХА им. К.А. Тимирязева (имеется двусторонний договор).
База располагает комплексом помещений для размещения персонала, приглашенных специалистов и студентов, оборудования и материалов – 14 зданий общей площадью более 2000 м2. Для обеспечения содержания животных имеются складские помещения, холодильное оборудование, оборудование для переработки и приготовления кормов, производственные мастерские. Функционирование базы обеспечивают заведующая и производственный персонал.