История лаборатории берет начало в 1989 г., когда по инициативе академика В.Е. Соколова, директора ИПЭЭ РАН профессором Светланой Александровной Шиловой была организована Группа тропической популяционной экологии. В 1992 г. она получила название Группы популяционной экологии, а в 2006 г. получила статус лаборатории. С.А. Шилова, или как ее называли сотрудники - Шеф, собрала в лаборатории несколько своих учеников, а также привлекла в нее других ученых-зоологов с разными интересами в области популяционной, поведенческой и физиологической экологии, экологии сообществ. Разнообразие научных интересов сотрудников сформировало и разнообразие научных направлений, а также объектов исследований (прежде всего мелких млекопитающих и птиц) и широкую их географию.
В 2009 г. руководить лабораторией стал Андрей Чабовский. Старые направления развиваются и эволюционируют, выходя на новый методологический и теоретический уровень и открывая для нас новые темы, такие как: компромисс между иммунитетом и репродукцией, темп жизни и персональность у животных, кариотипическая изменчивость, механизмы мейоза и репродуктивная изоляция, нестационарная динамика популяций и сообществ, физиология и экология перемещений, колонизация новых пространств и др. В своей работе мы сочетаем многолетние (десятки лет) исследования природных популяций, в том числе индивидуально-ориентированные, с полевыми и лабораторными экспериментами и инструментальными методами.