1. Показано, что совместная пастьба разных по кормовой специализации видов растительноядных млекопитающих обеспечивает равномерное воздействие животных на видовой состав пастбищной растительности. Трофическая нагрузка на разные виды трав распределяется поровну, что обеспечивает сохранение видового разнообразия растительных сообществ, сохраняет кормовую пригодность природных пастбищ для различающихся по питанию видов животных. Пастьба видов с одинаковыми требованиями к пастбищной растительности приводит к обеднению видового разнообразия растений, к доминированию плохо поедаемых видов, к конкуренции животных за пищу и сокращению их численности.
2. Показано, что современные климатогенные и антропогенные преобразования среды привели к доминированию злаков и снижению разнотравья в растительном покрове степных регионов европейской части России. Это отразилось как на кормовом качестве пастбищной растительности, так и на обеспеченности растительноядных млекопитающих полноценной пищей. Реакция разных таксономических групп млекопитающих на изменения среды диаметрально противоположна: одни виды (общественная полевка Microtus socialis) расширили область обитания и увеличили численность, другие (малый суслик Spermophilus pygmaeus, сайгак Saiga tatarica) сократили места обитания и резко снизили численность.
3. С помощью современных методов впервые обобщены результаты более чем 75-летнего мониторинга сообществ млекопитающих в природных очагах чумы на западе Казахстана по материалам Уральской противочумной станции. Выявлены основные закономерности распределения и динамики млекопитающих по территории и во времени. Получена количественная характеристика показателей и факторов динамики численности ведущих видов за период мониторинга. Оценена скорость распространения видов и пятен высокой численности, изучена динамика процессов реколонизации и вымирания популяций. Обобщен обширный материал по экологии ряда популяций ведущих видов позвоночных и их эктопаразитов, что создало биологические основы для прогноза хода эпизоотий в природных очагах болезней, а также восстановления охраняемых видов.
4. Разработана модель формирования фауны горных тропиков на примере эндемичных групп видов млекопитающих Эфиопского нагорья с использованием молекулярных филогений. Впервые на материале по млекопитающим показано, что агрегации узкоареальных таксонов различного эволюционного возраста возникают в результате долговременной климатической стабильности в крайне ограниченных районах горных тропиков.
5. На примере нескольких модельных групп мелких млекопитающих показано, что основным фактором, определяющим генезис эндемичных фаун высокогорий Восточной Африки, является интенсивный региональный кладогенез (связанный с адаптациями к условиям отдельных высотных поясов), а не ряд разновременных событий колонизации данных территорий различными предковыми формами (как это предполагалось ранее).
6. На основе анализа последовательностей митохондриальных и ядерных генов 16 современных видов лесных млекопитающих России обнаружен ранее неизвестный Маныч-Керченский фаунистический разрыв, значительно превосходящий Берингийский по числу видов. По молекулярным данным изоляция лесных фаун юга Русской равнины и Кавказа началась 7 млн. лет назад, на границе миоцена и плиоцена, известной как Мессинское оледенение. Решающую роль в изоляции играла зона степей юга Русской равнины и периодически возникавший на протяжении плейстоцена Маныч-Керченский морской пролив.
7. Проведены филогенетические и филогеографические анализы ряда модельных групп мелких млекопитающих умеренных и тропических широт: лесных сонь (Dryomys), мышовок (Sicista), обыкновенных полевок (Microtus), кустарниковых полевок (Terricola), лесных мышей (Sylvaemus), жестковолосых мышей (Lophuromys), узкоголовых крыс (Stenocephalemys), болотных пластинчатозубых крыс (Otomys), африканских карликовых мышей (Nannomys), голопалых песчанок (Gerbilliscus), восточноафриканских кротовых крыс (Tachyoryctes), землероек-белозубок (Crocidura), азиатских кротов (Euroscaptor). Реконструированы эволюционные истории этих групп, локализованы их вероятные исторические рефугиумы, установлена роль глобальных изменений климата в процессах их эволюционной диверсификации и генетической дифференциации.
8. Проведена таксономическая ревизия ряда групп мелких млекопитающих Палеарктики, Восточной Африки и Юго-Восточной Азии. Описаны 13 новых видов (Plecotus balensis, Mastomys awashensis, Desmomys yaldeni, Otomys cheesmani, O. simiensis, O. yaldeni, Lophuromys menageshae, L. chercherensis, L. pseudosikapusi, Crocidura afeworkbekelei, C. yaldeni, Euroscaptor orlovi, E. kuznetsovi) и два подвида (Dryomys nitedula heptneri, Euroscaptor parvidens ngoclinhensis).
9. Разработана новая (“этологическая”) модель видообразования у млекопитающих. Сравнительные исследования зон гибридизации показали три основных этапа видообразования: (1) на первом этапе естественный отбор формирует этологическую изоляцию (ассортативное скрещивание) в ответ на пониженную приспособленность плодовитых гибридов, (2) нарастающая этологическая изоляция прерывает поток генов, при этом в зоне контакта могут отмечаться плодовитые гибриды или редкая гибридизация совместно обитающих видов, (3) в условиях этологической изоляции накапливаются генетические различия, завершающие видообразование. Видообразование по этой модели возможно и без географической изоляции. Обязательным условием служит только пониженная приспособленность гибридов.
10. Составлена и опубликована карта размещения на Северном Кавказе природных очагов
геморрагической лихорадки с почечным синдромом с детальной характеристикой всех основных компонентов очагов (ландшафты, теплокровные носители, возбудитель). Карта составлена совместно с лаб. геморрагических лихорадок ИПВЭ им. М.П. Чумакова РАМН, Москва, Сочинским отделением Новороссийской противочумной станции, Институтом вирусологии Германии.
11. Описан новый хантавирус Адлер (ADLV), формоспецифичный для малоазийской кустарниковой полевки Microtus majori. Проведено полногеномное секвенирование этого нового хантавируса, изучены его филогенетические взаимоотношения. Установлены близкие сестринские отношения между ADLV и хантовирусом Тула (TULV), различающимися по 5.6–8.2% аминокислотных замен нуклеокапсидного белка. Совместная встречаемость этих двух хантавирусов на северно-западном Кавказе свидетельствует о том, что ADLV не является географическим вариантом TULV, а представляет собой особый генотип, формоспецифичный для Microtus majori. Высокая нуклеотидная изменчивость ADLV (до 18%) и его выраженная филогеографическая структура позволяют предполагать достаточно давнее существование этого нового хантавируса на данной территории. (В сотрудничестве с Институтом полиомиелита и вирусных энцефалитов им. М.П. Чумакова РАН).
12. Исследованы особенности географического распространения в популяциях серых крыс Европейской территории России мутаций гена VKORC1, вызывающих резистентность грызунов к родентицидам-антикоагулянтам (составляющим 85% всего рынка родентицидов). Впервые для территории России в одной из популяций серых крыс в Академическом районе г. Москвы обнаружены особи с мутацией Y139S, вызывающей резистентность к антикоагулянтам как первого, так и второго поколений.