В настоящее время исследования лаборатории ведутся по широкому спектру тематик, включая:
- эволюционную экологию (экологические механизмы видо- и формообразования, эколого-генетические аспекты сетчатого видообразования, изменчивость жизненных циклов и систем размножения рыб, внутри- и межпопуляционная изменчивость различных систем признаков у рыб как основа возникновения адаптаций);
- экологию отдельных видов рыб и структуру рыбного населения водных сообществ (экология размножения рыб, рост, питание, динамика промысловых популяций рыб и структуры рыбного населения отдельных водоёмов);
- воздействие антропогенных факторов на рыб, включая промысловое рыболовство и аквакультуру (экология инвазий, нарушения размножения и развития, экотоксикология, оценка состояния промысловых запасов и их рациональное использование, совершенствование технологий аквакультуры, включая разработку оригинальных способов получения клональных линий осетровых);
- сохранение биоразнообразия (филогения и систематика отдельных групп рыб, фаунистика и зоогеография, разработка мер по охране редких и исчезающих видов).
- разнообразию тематик соответствует широкий набор методов, используемых в исследованиях лаборатории: от описательной морфологии и морфометрии, традиционных методов изучения питания, определения возраста и скорости роста рыб до молекулярной филогении, филогеографии, кариологии, изотопного и микроэлементного анализов и математического моделирования.
