В настоящее время исследования лаборатории ведутся по широкому спектру тематик, включая:
эволюционную экологию (экологические механизмы видо- и формообразования, эколого-генетические аспекты сетчатого видообразования, изменчивость жизненных циклов и систем размножения рыб, внутри- и межпопуляционная изменчивость различных систем признаков у рыб как основа возникновения адаптаций);
экологию отдельных видов рыб и структуру рыбного населения водных сообществ (экология размножения рыб, рост, питание, динамика промысловых популяций рыб и структуры рыбного населения отдельных водоёмов);
воздействие антропогенных факторов на рыб, включая промысловое рыболовство и аквакультуру (экология инвазий, нарушения размножения и развития, экотоксикология, оценка состояния промысловых запасов и их рациональное использование, совершенствование технологий аквакультуры, включая разработку оригинальных способов получения клональных линий осетровых);
сохранение биоразнообразия (филогения и систематика отдельных групп рыб, фаунистика и зоогеография, разработка мер по охране редких и исчезающих видов).
Разнообразию тематик соответствует широкий набор методов, используемых в исследованиях лаборатории: от описательной морфологии и морфометрии, традиционных методов изучения питания, определения возраста и скорости роста рыб до молекулярной филогении, филогеографии, кариологии, изотопного и микроэлементного анализов и математического моделирования.
Поддержка исследований подразделения в 2015-2019 гг. российскими грантами:
Грант РФФИ 15-29-02772 «Современное состояние ихтиофауны бассейнов верхней и средней Оби: распространение и систематика с использованием содержания следовых металлов в тканях в качестве экспресс-теста экологических различий между симпатрическими близкородственными формами рыб». Организация: ИПЭЭ РАН, руководитель: Голубцов А.С., среди исполнителей: Медведев Д.А., Праздников Д.В., Решетников Ю.С. Салтыкова Е.А.
Грант РНФ № 15-14-10020 «Разнообразие гидробионтов в условиях горных водоемов: эволюция, видообразование и систематика». Организация: ИБВВ РАН, руководитель – Лёвин Б.А., среди исполнителей: Голубцов А.С.
Грант РФФИ 16-04-0028 «Роль колоний гидрофильных птиц в преобразовании сообществ планктона пресноводных экосистем, продуцировании и переносе полиненасыщенных жирных кислот». Организация: ИБВВ РАН, руководитель : Крылов А.В., среди исполнителей: Праздников Д.В.
Грант РФФИ 16-04-00130 «Скорость морфологической и генетической дивергенции таксонов с датированным временем разрыва ареалов и особенности видообразования в ряде групп рыб Понто-Каспийского бассейна». Организация: МГУ, руководитель: Васильева Е.Д., среди исполнителей: Васильев В.П.
Грант РФФИ № 16-04-00456 16-04-00456 «Систематика круглоперых рыб (Cyclopteridae)». Организация: ЗИН РАН, руководитель: Воскобойникова О.С., среди исполнителей: Орлов А.М.
Грант РФФИ № 16-04-00516 «Таксономия, микроэволюция, распределение и биология антимор Antimora spp. (Moridae, Gadiformes, Teleostei) Мирового океана». Организация: ВНИРО, руководитель: Орлов А.М.
Грант РФФИ 16-04-00819 «Исследования эволюционных аспектов электрогенеза и систем электрокоммуникации в некоторых группах слабоэлектрических рыб». Организация: ИПЭЭ РАН, руководитель: Барон В.Д., среди исполнителей: Голубцов А.С.
Грант РФФИ 17-04-00892 «Пространственно-временные закономерности функционирования озерной экосистемы и формирования ее продуктивности». Организация: МГУ, руководитель: Криксунов Е.А., среди исполнителей: Бобырев А.Е.
Грант РФФИ 17-04-01899 «Репродуктивные барьеры у аллопатрических и симпатрических рыб с разной степенью генетической близости на примере рода Nothobranchius». Организация: ИПЭЭ РАН, руководитель: Демидова Т.Б., среди исполнителей: Голубцов А.С.
Грант РФФИ № 18-04-00092 «Пути и механизмы эволюционной внутривидовой дивергенции у рыб: происхождение симпатрических форм, формирование репродуктивной изоляции, морфо-экологической и генетической сегрегации, филогеографической структуры (на примере арктического гольца Salvelinus alpinus sensu lato)». Организация: ИБР РАН, руководитель: Алексеев С.С.
Грант РФФИ № 18-04-00928 «Формирование механизма питания осетрообразных: морфо-функциональный анализ и адаптивное значение челюстного аппарата в онтогенезе Acipenser, Huso и Polyodon (Actinopterygii, Acipenseriformes)». Организация: ИПЭЭ РАН, руководитель: Рубан Г.И., среди исполнителей: Праздников Д.В.
Грант РФФИ № 18-34-00685 «Экспериментальная оценка роли гетерохроний в эволюции окраски костистых рыб (Teleostei)». Организация: ИПЭЭ РАН, руководитель: Праздников Д.В.
Грант РНФ № 19-14- 00218 «Адаптивная радиация и видообразование у карповых рыб в условиях симпатрии». Организация: ИБВВ РАН, руководитель – Лёвин Б.А., среди исполнителей: Голубцов А.С.