За долгие годы тесное сотрудничество сложилось у научного отдела заповедника с с Институтом проблем экологии и эволюции имени А.Н. Северцева (ИПЭЭ РАН), Пущинским государственным естественно-научным институтом, с Главным ботаническим садом им. Н.В. Цицина Российской академии наук (ГБС РАН) и др.
Уникальные заповедные леса изучают не только штатные научные сотрудники заповедника, но и сторонние специалисты, студенты профильных ВУЗов страны.
В 2020 году заключен новый договор научного содружества с Московским государственным университетом (МГУ) по теме: «Инвентаризация группы миксомицетов». Сейчас их список составляет всего 8 видов, планируется расширение списка видового обилия и подтверждение новых мест произрастания миксомицетов на территории заповедника.
Также, в июле текущего года, впервые запланирована совместная работа со специалистами Лаборатории экологии наземных и почвенных беспозвоночных Института биологии Коми научного центра Уральского отделения Российской академии наук (ИБ ФИЦ Коми НЦ УрО РАН). Экспедиция займется изучением фауны и структуры населения нематод в древесном ярусе широколиственных лесов. Результаты исследований смогут приоткрыть еще одну тайну старовозрастных лесов «Калужских засек».