Основная задача Лаборатории - изучение закономерностей исторического развития современных экосистем. Эта задача решается комплексным исследованием отложений различного генезиса – зоогенных отложений в пещерах и нишах, торфяников, долговременных нор млекопитающих, археологических памятников, погребенных почв, береговых отложений и др. Они отражают структуру и вековые изменения экосистем в позднем плейстоцене и голоцене, историю ареалов отдельных видов и групп животных и растений, изменение морфологических особенностей и экологии массовых видов, общую картину эволюции современных биогеоценозов в голоцене. При изучении отложений мы используем различные методы – радиоуглеродный, остеологический, гельминтологический, спорово-пыльцевой, фитолитный, ботанический, дендроклиматохронологический, геоморфологический, анализ стабильных изотопов и др.